Po raz ostatni wystąpił w październiku 1996 r. w warszawskim Teatrze Buffo podczas festiwalu Jazz Jamboree. Zagrał z zespołem Jana Ptaszyna Wróblewskiego własną kompozycję poświęconą swojemu przyjacielowi, zatytułowaną „Epitafium dla Krzysztofa Komedy”. Dziennikarzom powiedział, że jego koncerty to karta zamknięta, ponieważ czekają go poważne zabiegi medyczne. Zmarł 16 września 1998 r.
Na przełomie lat 1950/1951 Andrzej Trzaskowski był uczniem klasy maturalnej krakowskiego gimnazjum i liceum im. Jana III Sobieskiego. Któregoś dnia podczas trwającej lekcji został niespodziewanie wezwany do gabinetu dyrektora szkoły. Okazało się, że czekają na niego dwaj funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa. Bez bliższych wyjaśnień panowie zatrzymali, a następnie przewieźli ucznia do aresztu śledczego UB przy pl. Inwalidów. Przesłuchano go jako osobę podejrzaną i zarzucono kolportowanie antypaństwowych ulotek. Padły groźnie brzmiące pytania: „Co wam wiadomo o wrogiej działalności na terenie waszej klasy i skąd posiadaliście ulotkę o treści antyradzieckiej?”. Niezrażony sytuacją z godną podziwu stanowczością odpowiedział, że ulotkę nawołującą do omijania filmów radzieckich przeczytał podczas lekcji (notabene języka rosyjskiego), ponieważ zauważył ją podsuniętą pod książkę leżącą na ławce. Ubecy ustalili potem jej treść: „Uwaga, nie popierajmy filmów sowieckich wchodzących na nasze ekrany, nie wydajmy ani jednej złotówki na zaszczepienie nam zasad wschodniej kultury. To szmira. Taka jest nasza dewiza”.
Uczniowi Trzaskowskiemu zarzucono mówienie nieprawdy i aresztowano. Był podejrzany o przynależność do grupy konspiracyjnej, ponieważ w tym samym dniu zatrzymano też jego kolegę z „Sobieskiego” – Marcina, także podejrzanego o bojkotowanie radzieckich filmów, a poza tym o rozsiewanie tzw. szeptanej propagandy i słuchanie radia BBC.
Prowadzący śledztwo przygotował raport dla swoich przełożonych zmierzający do postawienia uczniów w stan oskarżenia. Podkreślił szczególnie ich pochodzenie – Andrzej był synem przedwojennego sędziego krakowskiego sądu, Marcin zaś synem byłego obszarnika posiadającego 400 ha ziemi.
Dopiero w końcu 1950 r. Andrzej Trzaskowski odzyskał wolność. Opowiadał potem, że przeżył szok, widząc w celi więźniów, wśród nich także członków Armii Krajowej, którzy już od wielu miesięcy przebywali w tak podłych warunkach.