Prawo do odliczenia VAT naliczonego od zakupów powstaje w rozliczeniu za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy przy zakupach krajowych, jednak nie wcześniej niż nabywca otrzyma fakturę dokumentującą nabyte towary bądź usługi. Innymi słowy, w sytuacjach, kiedy faktura jest wystawiana po dostawie towaru lub wykonaniu usługi, nabywca jest uprawniony do odliczenia VAT z faktury dokumentującej transakcję w swojej deklaracji za miesiąc, w którym otrzymał fakturę.
Zdarzają się jednak sytuacje, w których podatnicy z różnych względów nie odliczają podatku w rozliczeniu za miesiąc otrzymania faktury, np. po otrzymaniu faktury dokument czeka jeszcze na akceptację określonych osób w firmie. Wówczas u podatników pojawiają się wątpliwości czy mają jeszcze prawo rozliczyć podatek naliczony i w jakim terminie mogą to zrobić.
Ustawodawca przewidział dodatkowe terminy, w których podatnik może odliczyć VAT, jeżeli nie zrobi tego we wskazanym powyżej terminie podstawowym. I tak, jeśli podatnik nie odliczy VAT w miesiącu otrzymania faktury, to może to zrobić w rozliczeniu za jeden z dwóch kolejnych okresów rozliczeniowych (art. 86 ust. 11 ustawy o VAT).
A co w sytuacji, kiedy podatnik nie odliczył VAT również w tym dodatkowym terminie. Przepisy ustawy o VAT wskazują, że w takiej sytuacji podatnik może obniżyć kwotę podatku należnego o podatek naliczony poprzez korektę deklaracji podatkowej za okres, w którym powstało prawo do odliczenia. Może to jednak zrobić nie później niż w ciągu pięciu lat, licząc od początku roku, w którym powstało to prawo (art. 86 ust. 13 ustawy o VAT).
Przykład
W lipcu 2017 r. spółka A otrzymała fakturę zakupową od swojego kontrahenta. Spółka uznała, że kwota na fakturze jest za wysoka i zgłosiła swoją wątpliwość kontrahentowi. W związku z zastrzeżeniami co do otrzymanej faktury spółka nie odliczyła VAT. Pomiędzy stronami trwały rozmowy dotyczące kalkulacji wartości faktury. W styczniu 2018 r. spółka A ostatecznie przyznała rację kontrahentowi i uznała w pełni otrzymaną fakturę.