Mimo że art. 100 § 1 k.p. wprost o tym nie wspomina, jego wykładnia w zgodzie z Konstytucją pozwala przyjąć, że pracownik może odmówić wykonania polecenia pracodawcy na podstawie klauzuli sumienia. Oznacza to, że przełożony nie powinien z powodu takiej odmowy wyciągać wobec pracownika żadnych negatywnych konsekwencji.
... z ograniczeniami
Powołanie się na klauzulę sumienia powinno dotyczyć jedynie spraw istotnych i nie może stanowić rodzaju pracowniczego wybiegu pozwalającego uchylić się od pracy. W przypadku sporu sądowego to pracownik powinien wykazać rodzaj wyznawanych przekonań czy wierzeń, które sprzeciwiały się wykonaniu polecenia przełożonego.
Po drugie – powołanie się na klauzulę sumienia nie powinno wyłączać prawa pracodawcy do wypowiedzenia pracownikowi umowy o pracę, jednak tylko wtedy, gdy czynności, których wykonania odmawia pracownik, stanowią istotę pracy. Innymi słowy, jeżeli w momencie podjęcia zatrudnienia pracownik wiedział lub rozsądnie mógł przewidywać, że rodzaj pracy będzie wymagać od niego wykonywania czynności sprzecznych z jego poglądami, nie może następnie odmawiać ich wykonywania.
To stanowisko nie do końca wyjaśnia jednak, jak należy postąpić w przypadku zmiany światopoglądu pracownika. Podobny problem może wystąpić, gdy zatrudniając się w firmie pracownik co prawda nie mógł racjonalnie przewidywać, że zostaną mu polecone czynności sprzeczne z jego sumieniem, ale ostatecznie tak się jednak stało – wówczas polecenie pracodawcy jest zgodne z prawem i umową o pracę.
Każdy podobny przypadek należy rozpatrywać osobno. Punktem wyjścia powinno być jednak stwierdzenie, że pracodawca jest zobowiązany uszanować przekonania pracownika i tak przeorganizować jego pracę, by nie musiał on wykonywać czynności sprzecznych z jego sumieniem. Jedynie w przypadku, gdy nie jest to możliwie – co pracodawca powinien móc udowodnić – może wypowiedzieć pracownikowi umowę o pracę.
Podobną sprawę rozstrzygał sąd niemiecki. W sprawie pracodawca zwolnił osobę pracującą w dziale napojów, która odmawiała wykładania napojów alkoholowych z powołaniem się na zakazy religijne. W wyroku z 24 lutego 2011 r. (2 AZR 636/) sąd niemiecki stwierdził, że należy ustalić, czy możliwe było dalsze zatrudnianie pracownika przy poszanowaniu jego przekonań religijnych. Dopiero przy braku takiej możliwości wypowiedzenie umowy o pracę byłoby bowiem uzasadnione.