W lipcu 2013 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał przełomowe postanowienia dotyczące zaskarżalności przedłużenia terminu zwrotu VAT (I FSK 1133/13; I FSK 1228/13). Stwierdził, że na przedłużenie dokonywane w związku z weryfikacją zasadności zwrotu w ramach kontroli podatkowej przysługuje skarga do sądu administracyjnego. Wcześniej wojewódzkie sądy administracyjne odrzucały skargi podatników. Uznawały, że tego rodzaju sprawy nie należą do ich kompetencji.
Od czasu wydania postanowień NSA z lipca 2013 r. nie budziło już żadnych wątpliwości, że przedłużenie terminu zwrotu VAT w związku z weryfikowaniem jego zasadności w ramach kontroli podatkowej, postępowania podatkowego lub postępowania kontrolnego było aktem z zakresu administracji publicznej dotyczącym uprawnień wynikających z przepisów prawa i jako takie podlegało kontroli sądowej.
Powrót wątpliwości
15 sierpnia 2015 r. weszła w życie nowelizacja prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (p.p.p.s.a.), która ograniczyła ich kompetencje. Z zakresu właściwości sądów wyłączono badanie legalności aktów podjętych w ramach postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, czynności sprawdzających oraz postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej.
W rezultacie na nowo odżyły wątpliwości, czy na postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT wydawane w związku z weryfikacją zasadności zwrotu VAT w ramach kontroli podatkowej, postępowania podatkowego lub postępowania kontrolnego przysługuje środek zaskarżenia, a w szczególności skarga do sądu administracyjnego. Rozbieżne w tym zakresie jest zwłaszcza orzecznictwo sądowe. Wojewódzkie sądy administracyjne ponownie zaczęły odrzucać skargi podatników (np. postanowienia WSA w Poznaniu z 12 kwietnia 2016 r., I SA/Po 2450/15 czy WSA w Lublinie z 7 kwietnia 2016 r., I SA/Lu 1394/15). Równolegle zapadały jednak wyroki, co oznacza, że część sądów uznała, że w dalszym ciągu mają uprawnienie do badania legalności przedłużenia terminu zwrotu VAT (m.in. wyroki: WSA w Gliwicach z 10 maja 2016 r., III SA/Gl 2409/15; WSA w Gdańsku z 8 czerwca 2016 r., I SA/Gd 420/16). Skutkiem rozbieżności orzeczniczych jest pytanie skierowane przez skład zwykły NSA do składu siedmiu sędziów tego sądu (postanowienie NSA z 13 lipca 2016 r., I FSK 724/16).
W oczekiwaniu na siedmiu sędziów
Skład poszerzony NSA orzeknie, czy w stanie prawnym obowiązującym po 15 sierpnia 2015 r. podatnikom przysługuje nadal skarga do sądu administracyjnego od rozstrzygnięcia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wydanego w toku kontroli podatkowej, postępowania podatkowego bądź postępowania kontrolnego. Z uzasadnienia postanowienia wynika, że skład zwykły skłania się do tezy, iż skarga do sądu administracyjnego w dalszym ciągu podatnikom przysługuje. Stwierdził on bowiem m.in., że pozbawienie podatników prawa do zaskarżenia przedłużenia terminu zwrotu VAT w związku z weryfikacją zasadności zwrotu w ramach kontroli podatkowej, postępowania podatkowego bądź postępowania kontrolnego doprowadziłaby do skutków niezgodnych z konstytucją, orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości UE, jak również z intencjami ustawodawcy wynikającymi z uzasadnienia projektu ustawy, który legł u podstaw nowelizacji p.p.p.s.a.