Ponieważ zdobył skromne wykształcenie zawodowe, często zmieniał pracę, borykał się więc z problemami finansowymi. W tej sytuacji przystąpienie do ruchu komunistycznego mogło wydawać się wręcz czymś naturalnym. Stało się to najprawdopodobniej w roku 1937, gdy przyszły szef łódzkiej bezpieki zaangażował się w działalność konspiracyjnej Międzynarodowej Organizacji Pomocy Rewolucjonistom, zwaną potocznie Czerwoną Pomocą. Szybko został zatrzymany i skazany na dwa lata więzienia. Wraz z innymi kapepeowcami wolność odzyskał dzięki wybuchowi II wojny światowej. 6 września 1939 roku personel więzienia, w którym Moczar odbywał karę, uciekł w panicznym strachu przed nadciągającą armią niemiecką.
Tuż po ataku Niemiec na ZSRR w czerwcu 1941 roku Moczar, tak jak wielu innych polskich komunistów, został zwerbowany do radzieckiego wywiadu wojskowego GRU. Dostał pseudonim Woron (po polsku Kruk). Pozostaje otwarte pytanie, czy wywiad Armii Czerwonej nie wykorzystywał go także później. Zdaniem części historyków wywiadowcza przeszłość Moczara mogła być powodem jego zawrotnej kariery jako partyzanckiego dowódcy.
Żołnierz o pseudonimie Mietek, a potem także Moczar, piął się bowiem w strukturach Gwardii Ludowej z szybkością równą tempu zbliżania się Rosjan do ziem polskich. Od 1942 r. przyszły szef bezpieki był dowódcą różnych zgrupowań Gwardii Ludowej i Armii Ludowej, początkowo w okręgu łódzkim, a potem lubelskim. W czerwcu 1944 roku został oddelegowany do okręgu kieleckiego. Powodem był narastający konflikt pomiędzy nim a Leonem Kasmanem „Janowskim", komunistą przysłanym do wykonania pilnej misji zleconej przez szefa Wydziału Informacji Międzynarodowej WKP(b), Georgi Dymitrowa.
Kasman, wieloletni były działacz Kominternu, miał awaryjnie przejąć kierownictwo PPR po aresztowaniu jej dotychczasowego przywódcy i przeprowadzić zmiany operacyjne w komunistycznej partyzantce w związku z nadejściem Armii Czerwonej. Jednak gdy Kasman się zorientował, że kierownictwo partii istnieje, a nowym I sekretarzem został Władysław Gomułka, skupił się na przejmowaniu kontroli nad lokalnymi oddziałami GL/AL – również na znajdującej się pod wpływami Moczara Lubelszczyźnie.
Wybuchł konflikt. Sytuację dodatkowo zaogniały skrajnie różne charaktery obu mężczyzn. Moczar, prosty łódzki robotnik, spory zwykł rozwiązywać za pomocą pięści lub pistoletu. „Janowski" był wykształconym, wytrawnym, bardzo doświadczonym działaczem KPP i Kominternu. Niemal pod każdym względem stanowił przeciwieństwo Moczara, poza jednym wyjątkiem: obaj byli łodzianami, tyle że Kasman – urodzonym w żydowskiej rodzinnie.
Istnieje hipoteza, że późniejsza awersja Moczara do żydowskich komunistów, która kulminację znalazła w antysemickich czystkach z Marca '68, swą genezę brała właśnie w tym konflikcie. Teza ciekawa, choć trudna do potwierdzenia. Z pewnością za to można doszukiwać się tu początków sporu „krajowców" z „moskalami", który z ogromną siłą wybuchł w Polsce Ludowej, angażując po jednej ze stron „Mietka".