W akcie oskarżenia, który trafił do sądu pod koniec sierpnia ubiegłego roku, prokuratura zarzuciła prezesowi NIK cztery przestępstwa nadużycia władzy, których miał się dopuścić przy obsadzaniu stanowisk na dyrektorów i wicedyrektorów, między innymi delegatur w Łodzi oraz Rzeszowie.
Według prokuratury wynik konkursu na stanowiska w NIK był ustawiany w ten sposób, że przed posiedzeniem komisji konkursowej prezes NIK, jako jej przewodniczący, ujawniał o co zapyta kandydata. Kandydatom informacje te przekazywał były poseł PSL Jan Bury. Tak wynikało z podsłuchanych przez CBA rozmów.
W ocenie śledczych prezes NIK miał też podżegać do nadużycia władzy przez ówczesnego wiceprezesa Izby. Podżegania do nadużycia władzy miał też według prokuratury dopuścić się Jan Bury. Były poseł Polskiego Stronnictwa Ludowego odpowie też za podżeganie do nadużycia uprawnień.
Ani Kwiatkowski, ani Bury nie przyznali się do winy. Prezes NIK deklaruje, że chce dowieść w sądzie swej niewinności. W październiku 2016 roku Sejm na wniosek prokuratury uchylił mu immunitet.
Na ławie oskarżonych zasiada również były wicedyrektor rzeszowskiej delegatury NIK Paweł A. Zdaniem prokuratury zarówno on, jak i Krzysztof Kwiatkowski oraz Jan Bury mieli działać na szkodę interesu publicznego i prywatnego za co grozi im do 3 lat więzienia.
