Skład i działalność Rady Ministrów pod przewodnictwem Kazimierza Marcinkiewicza, powołanego i zaprzysiężonego jeszcze przez prezydenta Kwaśniewskiego, wzbudzały wiele wątpliwości Lecha Kaczyńskiego. Dotyczyły one przede wszystkim osoby samego premiera. Lech Kaczyński nie akceptował decyzji prezesa PiS Jarosława Kaczyńskiego, by nie obejmować tego urzędu. Wywołało to jeden z największych i najdłuższych, bo trwający kilka dni, spor między obu braćmi politykami.
Skład rządu Marcinkiewicza był bardziej centrowy niż program Prawa i Sprawiedliwości. Jak przyznał Jarosław Kaczyński, wynikało to z zaakceptowanego w PiS „generalnego pomysłu, że skoro nie udała się koalicja z PO, to trzeba stworzyć rząd będący swego rodzaju substytutem takiej koalicji". To sprawiło, że skład gabinetu był nieco przypadkowy i znalazło się w nim wiele twarzy nieidentyfikowanych wcześniej z PiS. Tak było np. w przypadku ministrów: spraw zagranicznych (Stefan Meller, niedawny ambasador RP w Moskwie), finansów (Teresa Lubińska, zaledwie 4 lata wcześniej kandydatka w wyborach parlamentarnych z list Unii Wolności, znajoma Marcinkiewicza, m.in. jako promotorka jego nieukończonej pracy doktorskiej), skarbu państwa (powiązany z rynkami kapitałowymi Andrzej Mikosz). I to właśnie ten ostatni był największym punktem zapalnym. Jak wspominał Andrzej Urbański, „prezydent nigdy nie zaakceptował tej nominacji". I rzeczywiście, już dwa tygodnie po swoim zaprzysiężeniu prezydent 4 stycznia 2006 r. przyjął dymisję Andrzeja Mikosza. Kilka dni później stanowisko straciła minister finansów Teresa Lubińska. Zastąpili ich powołani przez Lecha Kaczyńskiego Wojciech Jasiński z PiS i bezpartyjna Zyta Gilowska. Jedna z niedawnych liderek PO została nie tylko ministrem finansów, ale także drugim obok Ludwika Dorna wicepremierem.
Chemia i jej brak
Relacje prezydenta z rządem Kazimierza Marcinkiewicza trudno uznać za klasyczną kohabitację. Była to trudna współpraca, którą można porównać do „szorstkiej przyjaźni" łączącej w latach 2001–2005 dwóch lewicowych gospodarzy „małego" i „dużego pałacu". Prezydent rzadko spotykał się z premierem, choć wykonywał w jego stronę wyjątkowe gesty, do jakich można zaliczyć np. przyjazd na spotkanie do kancelarii premiera zamiast zaproszenia szefa rządu do kancelarii prezydenta.
Osobnym problemem szybko stała się obsada MON, resortu kluczowego dla współpracy rządu z prezydentem. Objął go Radosław Sikorski, który w wyborach parlamentarnych w 2005 r. zdobył mandat senatora jako kandydat bezpartyjny, ale startujący z list PiS. Zarówno prezydent, jak i prezes PiS nie byli w pełni przekonani do ministerialnej nominacji Sikorskiego, który już wówczas był znany z przerostu ambicji osobistych, politycznego indywidualizmu i „gry na siebie". Lech Kaczyński uważał Radosława Sikorskiego za niedojrzałego polityka i człowieka. Szef Kancelarii Prezydenta RP Andrzej Urbański wspominał, że między Kaczyńskim i Sikorskim „nigdy nie było chemii", a podczas spotkań rozmawiali tak, jakby „nadawali na falach zupełnie innej długości".
Argumentem przemawiającym za kandydaturą Sikorskiego były jego kontakty w anglosaskich sferach politycznych, wynikające z wcześniejszej drogi życiowej – pracy dla brytyjskich mediów i wpływowego amerykańskiego think tanku American Enterprise Institute. Korzystny mógł się okazać zwłaszcza jego pobyt w Stanach Zjednoczonych, gdzie Sikorski blisko poznał wielu neokonserwatywnych polityków, którzy w administracji prezydenta George'a W. Busha odgrywali kluczową rolę. Dawało to nadzieję na wzmocnienie strategicznego sojuszu polsko-amerykańskiego. Poza tym Sikorski, mimo młodego wieku, miał za sobą doświadczenie polityczne w ważnym, także symbolicznie, dla prawicy rządzie Jana Olszewskiego, w którym był wiceministrem obrony narodowej.