Największe kontrowersje budzą w ustawie dwie kwestie, które prezydent Duda postanowił zmienić w ramach swojej nowelizacji. Obecnie obowiązująca wersja ustawy przewiduje, że komisja może stosować "środki zapobiegawcze", w postaci zakazu sprawowania funkcji związanych z dysponowaniem środkami publicznymi przez 10 lat oraz odebrania dostępu do informacji niejawnych na 10 lat. Opozycja wskazywała, że te "środki zapobiegawcze" są narzędziami pozwalającymi eliminować przeciwników politycznych z życia publicznego, wykluczając ich udział w organach władzy wykonawczej. Kontrowersje budził też tryb odwołania od decyzji komisji - przy obecnie obowiązujących przepisach można się od nich odwołać jedynie do sądu administracyjnego, który zajmuje się jednak przede wszystkim badaniem tego, czy decyzja została wydana zgodnie z obowiązującym prawem (a więc m.in. z obowiązującą ustawą na podstawie której komisja powstała).
Prezydent w ramach nowelizacji zdecydował o wykreśleniu środków zapobiegawczych z przepisów komisji oraz wprowadzenia trybu odwołania się od decyzji komisji do sądu apelacyjnego. Ponadto nowelizacja przewiduje, że w komisji nie będą mogły zasiadać osoby, które pełnią mandat posła lub senatora.
Dlaczego ustawę określa się mianem lex Tusk?
Ustawę określa się mianem "lex Tusk", ponieważ zdaniem jej krytyków jest ona wymierzona przede wszystkim w przewodniczącego PO. Świadczy o tym fakt, że jego nazwisko pojawiło się w uzasadnieniu projektu ustawy o powołaniu Państwowej Komisji do spraw badania wpływów rosyjskich na bezpieczeństwo wewnętrzne Rzeczypospolitej Polskiej w latach 2007-2022. Ponadto np. wiceminister rolnictwa, Janusz Kowalski, mówił wprost, że prace komisji powinny doprowadzić do postawienia Tuska przed Trybunałem Stanu.
