Wywiad cywilny PRL niemal od początku nękały zdrady i ucieczki funkcjonariuszy. Na jego kondycji negatywnie odbijały się również wewnętrzne „czystki", problemy dyscyplinarne funkcjonariuszy i znaczna rotacja kadr. Ich skutkiem były ciągłe reorganizacje i zmiany personalne. W efekcie kilkakrotnie musiano rozpoczynać pracę niemal od początku.
Cenzurę końcową „Dziejów wywiadu cywilnego Polski Ludowej w latach 1945–1961" historyka IPN Witolda Bagieńskiego wyznacza właśnie zasadnicza reorganizacja struktury wewnętrznej wywiadu, wymuszona zdradą i ucieczką na Zachód dwóch wysokich funkcjonariuszy Departamentu I kpt. Władysława Mroza i ppłk. Michała Goleniewskiego. Za ich sprawą zdekonspirowana została struktura wewnętrzna, metody pracy oraz tożsamość części kadry i agentury w kraju oraz za granicą. Była to najdotkliwsza porażka tajnych służb w całej ich dotychczasowej historii.
W odwecie w niewyjaśnionych do końca okolicznościach na przedmieściach Paryża wysłani z kraju egzekutorzy zamordowali kpt. Mroza. Goleniewskiego, który znalazł się pod opieką Amerykanów, nie udało się dosięgnąć. W tym czasie w kierownictwie wywiadu był prawdopodobnie jeszcze jeden wysoko usytuowany „kret". Różne tropy wskazują, że mógł nim być sam wicedyrektor Departamentu I płk Zbigniew Dybała, który w marcu 1962 r. popełnił samobójstwo, trując się cyjankiem.
Dobry partyjniak dobrym wywiadowcą
W praktyce wywiad cywilny przede wszystkim zajmował się realizacją polityki komunistycznych władz wobec emigracji. Zwłaszcza w pierwszych kilkunastu latach niemal cały wysiłek tajnych służb skierowany był na rozpracowanie wychodźstwa. Emigracja polityczna traktowana była jako bardzo poważne zagrożenie. Na taką ocenę wpływała niepewna sytuacja międzynarodowa po zakończeniu drugiej wojny światowej, gdy wielu wydawało się, że niebawem wybuchnie nowy konflikt. Patrząc na to zagadnienie z perspektywy czasu, wydaje się, że władze w Warszawie, a wraz z nimi również wywiad, przeceniały jednak wagę i możliwość emigracji.
Wiedza tajnych służb na temat życia politycznego emigracji była niewątpliwie rozległa. Świadczy o tym bogata dokumentacja pozostała po komunistycznym aparacie represji zgromadzona w IPN. Mimo to działania podejmowane przez wywiad wobec emigracji zdają się mieć charakter dość przypadkowy, by nie powiedzieć chaotyczny, i okazjonalny. Częściej chyba polegający na wykorzystywaniu nadarzającej się sytuacji, wynikającej ze skłócenia wychodźstwa czy problemów materialnych emigrantów, niż na planowym, przemyślanym kreowaniu wydarzeń.