Koronawirus SARS-CoV-2 groźnie mutuje. Są trzy szczepy

Genetycy z Uniwersytetu w Cambridge, którzy zastosowali metodę sieci filogenetycznej pozwalającej na prześledzenie związków ewolucyjnych między różnymi stadiami ewolucji koronawirusa, twierdzą, że znaleźli trzy różne, ale ściśle powiązane za sobą odmiany tego patogenu.

Wyniki swoich badań opublikowali w czasopiśmie „Proceedings of National Academy of Sciences” (PNAS). Rekonstrukcja wczesnego stadium ewolucyjnego koronawirusa, rozprzestrzeniającego się na początku pandemii w jej strefie zero, czyli chińskim mieście Wuhan, wykazuje istotne różnice w porównaniu z patogenami z Europy i Ameryki Północnej.

Analiza pierwszych 160 kompletnych genomów wirusa, sekwencjonowanych i pobranych od zarażonych pacjentów, wskazuje, że wariant tego patogenu odkryty u nietoperzy występuje w dużej mierze u pacjentów z USA i Australii, ale nie u tych z miasta Wuhan. To niestety jest zła wiadomość.

– Istnieje zbyt wiele szybkich mutacji, aby starannie prześledzić drzewo genealogiczne rodziny tego koronawirusa – oświadczył prowadzący badania dr Peter Forster, genetyk z Uniwersytetu w Cambridge. – Wykorzystaliśmy matematyczny algorytm sieciowy do wizualizacji wszystkich prawdopodobnych rozgałęzień jednocześnie. Techniki te są znane głównie z mapowania prehistorycznych migracji populacji ludzkich poprzez obserwację zmian w DNA. Po raz pierwszy metoda ta została wykorzystana do śledzenia dróg infekcji koronawirusem, takim jak SARS-CoV-2.

A,B,C…

Wyniki badań wskazują, że koronawirus SARS-CoV-2 nieustannie mutuje, aby przezwyciężyć układ odpornościowy w różnych populacjach. Naukowcy do badań wykorzystali materiał z próbek pobranych z całego świata w okresie między 24 grudnia 2019 r. a 4 marca 2020 r.

Na podstawie tych badań ustalono, że istnieją trzy różne, ale blisko spokrewnione, warianty genetyczne koronawirusa, które (wzorując się na rozróżnieniu różnych szczepów wirusa grypy) nazwano A, B i C. Typ A, oryginalny genom ludzkiego wirusa odkryty u nietoperzy, był co prawda obecny w Wuhan, ale nie był dominującym typem wśród osób zakażonych w tym mieście. Zmutowane wersje A zaobserwowano natomiast u Amerykanów, którzy przyjechali z Wuhan. Podobnie dużą liczbę wirusów typu A znaleziono u pacjentów w Australii.

Okazuje się, że głównym typem wirusa w Wuhan był koronawirus SARS-CoV-2 typu B. Występował on w badanym okresie u pacjentów z całej wschodniej Azji, jednak nie rozprzestrzenił się daleko poza Chiny bez dalszych mutacji.

A co z Europą? Z czym zmagają się pacjenci na naszym kontynencie? Naukowcy twierdzą, że prawdopodobnie jest to wariant C, który jest głównym typem europejskim, występującym u wczesnych pacjentów z Francji, Włoch, Szwecji i Anglii. Nie ma go natomiast w tzw. chińskiej próbie kontynentalnej, ale za to występuje u większości zarażonych w Singapurze, Hongkongu i Korei Południowej. Analiza genetyczna koronawirusów zebranych od grudnia do kwietnia sugeruje również, że jeden z najwcześniejszych przypadków zachorowania na Covid-19 we Włoszech był powiązany z jedną z pierwszych infekcji w Niemczech, która wystąpiła 27 stycznia w okolicach Monachium. Inna wczesna włoska droga infekcji prowadzi do Singapuru.

To już jest rodzina koronawirusa

Sekwencjonowanie genetyczne wirusa pozwala nie tylko ustalić zmiany mutacyjne patogenu, ale także odtworzyć kierunki jego migracji i sposobu zarażania. Naukowcy twierdzą, że ich metody można zastosować do precyzyjnego mapowania, aby przewidzieć przyszłe globalne punkty zapalne, w których choroba może wybuchać na nowo. Dzięki takiemu mapowaniu będzie można na tych obszarach wprowadzać lokalne kwarantanny wygaszające punkty zapalne epidemii. Niepokoi jednak, że mutacja, której naukowcy się najbardziej obawiali, rozwinęła się w tak szybkim tempie.

Do tej pory mieliśmy nadzieję, że mamy do czynienia tylko z jednym szczepem koronawirusa, a nie z aż trzema odmianami. To oznacza, że osoba, która jest ozdrowieńcem w typie A, może (choć nie musi) ponownie przejść chorobę, zarażając się typem B lub C.