Zamach nie pozostał jednak bez wpływu na jego zdrowie. Od tego też czasu nawet najdrobniejsza niedyspozycja papieża wywołana przeziębieniem była obiektem zainteresowania światowych mediów. Lekarze z kliniki za każdym razem wydawali obszerne komunikaty o stanie zdrowia i przebiegu leczenia.
Trudne dla papieża lata rozpoczęły się na początku lat 90. Przez co najmniej kilka miesięcy 1992 roku papież wyglądał na wyczerpanego, miewał podwyższoną temperaturę, gdy wreszcie dał się nakłonić na przeprowadzenie badania krwi. Cztery dni później, 13 lipca 1992 roku, był operowany. Usunięto guza nowotworowego jelita grubego, który miał wielkość pomarańczy, i - jak podano w lekarskim komunikacie - "zaczynał się uzłośliwiać". W czasie operacji lekarze usunęli także woreczek żółciowy. Przed operacją Jan Paweł II, podobnie jak w 1981 roku, przyjął sakrament namaszczenia chorych. Rok później, w lipcu 1993 roku, papież znów stawił się w klinice na badania, które potwierdziły, że nowotwór nie był złośliwy. W listopadzie 1993, podczas audiencji dla uczestników obywającej się w Rzymie konferencji FAO, papież schodząc z podium, potknął się o skraj własnej szaty i upadł. W klinice nastawiono mu zwichnięty staw prawego barku. Gips nie był konieczny, wystarczyła elastyczna opaska. Przez następne cztery tygodnie błogosławił wiernych lewą ręką, co, jak żartował, można robić tak samo dobrze jak prawą.
Ten upadek i kilka kolejnych były najprawdopodobniej skutkiem rozwijającej się choroby Parkinsona. Mniej więcej w tym czasie postronni obserwatorzy zaczęli dostrzegać, że Jan Paweł II porusza się wolniej i bardziej ociężale, ma spowolnioną mimikę twarzy. W kwietniu 1994 roku papież znów przewrócił się, tym razem w łazience, i złamał szyjkę prawej kości udowej. W klinice, gdzie przebywał prawie miesiąc, wstawiono mu endoprotezę. Od tej jednak pory papież lekko utykał. Musiał także zarzucić jazdę na nartach.
W grudniu 1995 roku, w czasie bożonarodzeniowego orędzia "Urbi et orbi", Jan Paweł II musiał przerwać wystąpienie. Powodem były dolegliwości układu pokarmowego, które powtórzyły się w marcu, kiedy odwołano audiencję generalną, a następnie w kwietniu, sierpniu i wreszcie podczas pielgrzymki na Węgry we wrześniu. Watykan mówił o infekcjach jelitowych, których przyczyny nie są znane. W październiku Jan Paweł II przeszedł kolejną operację. Lekarze usunęli wyrostek robaczkowy.
"... abym do końca wypełnił misję"
Coraz wyraźniejsze stawały się papieskie dolegliwości: drżenie lewej ręki, trudności z poruszaniem się, do czego z czasem doszło ślinienie. To były objawy choroby Parkinsona, polegającej na sztywnieniu mięśni. Watykan długo tego nie potwierdzał. Dopiero w 1996 roku rzecznik Joaquin Navarro-Valls przyznał, że Jan Paweł II choruje na schorzenie "układu pozapiramidowego mózgu". Papież powoli miał coraz większe kłopoty z chodzeniem: najpierw pojawił się ruchomy podest na kółkach, którym papież posługiwał się w czasie audiencji, potem na podeście pojawił się tron, z którego o własnych siłach podnosił się coraz rzadziej. Przełomowym momentem była pielgrzymka do Kazachstanu w 2001 roku - papież wjechał na pokład samolotu windą, i tak praktycznie pozostało już do końca. Wyjątkiem była wizyta w Polsce w 2002 roku, gdy Jan Paweł II sam wszedł i zszedł po trapie samolotu.