Książki i inne wydawnictwa elektroniczne, mimo że mają taką samą zawartość intelektualną jak papierowe, obłożone są podstawową stawką podatku od wartości dodanej (VAT) – dzisiaj w Polsce to 23 proc., podczas gdy wydania tradycyjne korzystają z preferencyjnego opodatkowania (obecnie w Polsce 8 proc.). Cierpią na tym przede wszystkim czytelnicy, którzy faktycznie płacą wyższy podatek w cenie produktu.
Pokrzywdzone są także osoby ze specjalnymi potrzebami, np. niewidome, które mogłyby korzystać z wielu ułatwień technologicznych e-booków. Sytuacja jest tym bardziej absurdalna, że książki w postaci elektronicznej wydane na płycie CD albo CD-ROM korzystają z opodatkowania niższą stawką. W rezultacie e-booki przesyłane e-mailem, udostępniane w streamingu lub dostępne do pobrania z witryny internetowej są droższe od tych, które można kupić na jakimkolwiek nośniku fizycznym.
Ustawodawca europejski nie uwzględnia orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości UE (TS UE), zgodnie z którym podobnie opodatkowane powinny być te towary czy usługi, które są podobne z punktu widzenia przeciętnego konsumenta. Dyrektywa VAT pomija w tym zakresie ocenę czytelników, dla których najważniejsza jest treść publikacji, a nie nośnik.
Na skargi wydawców i czytelników zareagował rzecznik praw obywatelskich (RPO), który w grudniu 2013 r. złożył wniosek do Trybunału Konstytucyjnego (TK), skarżąc polską ustawę o podatku od towarów i usług w zakresie, w jakim jej przepisy wyłączają stosowanie obniżonych stawek podatku do książek wydawanych w formie cyfrowej (sprawa o sygn. akt K 61/13). Rzecznik dowodzi m.in., że taki kształt przepisów narusza zasadę neutralności podatkowej. RPO zwrócił także uwagę, że źródłem problemów są w istocie przepisy unijne. Chodzi mianowicie o dyrektywę Rady 2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, którą implementuje polska ustawa o VAT. Z tego też względu w piśmie RPO, przygotowanym przez Zespół Prawa Konstytucyjnego, znalazła się sugestia skierowania przez TK do TS UE pytania prejudycjalnego w sprawie ważności (legalności) unijnej dyrektywy. W porządku prawnym UE luksemburski Trybunał posiada bowiem wyłączną kompetencję do unieważniania aktów prawa wtórnego UE, a żaden sąd krajowy nie może takiej nieważności stwierdzić samodzielnie. Z kolei, zgodnie ze stanowiskiem TS UE, jeżeli sąd krajowy rozpoznaje spór dotyczący prawa Unii i uważa, że przepis krajowy jest nie tylko sprzeczny z tym prawem, ale ponadto niezgodny z konstytucją, to fakt, że stwierdzenie niezgodności z konstytucją przepisu prawa krajowego następuje w drodze obligatoryjnej skargi do Trybunału Konstytucyjnego, nie zwalnia go z obowiązku polegającego na wystąpieniu do TS UE z pytaniem o ocenę ważności prawa Unii (wyrok TS UE z 22 czerwca 2010 r. w sprawie Melki Abdeli).
7 lipca 2015 r. zostanie odnotowany w podręcznikach prawniczych jako historyczna data, ponieważ tego dnia polski Trybunał Konstytucyjny skierował pierwsze pytanie prejudycjalne do Luksemburga, oczekując unieważnienia przepisów dyrektywy UE. Zdaniem TK nieważność dotyczy dwóch problemów. Po pierwsze, w procedurze zmiany załącznika nr III do dyrektywy Rady 2006/112/WE naruszono w procesie prawodawczym istotny wymóg proceduralny konsultacji z Parlamentem Europejskim. Zdaniem TK Parlament nie miał okazji wypowiedzieć się w procedurze konsultacji na temat dokonywanych zmian dotyczących kwestii opodatkowania książek elektronicznych, a zatem ze względów proceduralnych przepisy te należy unieważnić. Po drugie, Trybunał Konstytucyjny, podzielając zdanie RPO, uznał, że art. 98 ust. 2 dyrektywy narusza zasadę neutralności podatkowej w zakresie, w jakim wyłącza stosowanie obniżonych stawek podatku do książek wydawanych w formie cyfrowej i innych publikacji elektronicznych. W ocenie TK książki na nośnikach fizycznych oraz książki dostarczane elektroniczne są podobne, wykazują bowiem analogiczne właściwości i spełniają te same potrzeby konsumenta. Są to też produkty konkurencyjne wobec siebie. Zatem zróżnicowanie stawek VAT w odniesieniu do takich towarów nie znajduje prawnego uzasadnienia.