Z jednej strony uważali, że ich obowiązkiem jest pomoc muzułmanom prześladowanym przez „krzyżowców" – jak nazywali Serbów. Z drugiej, była to dla nich okazja, by zaczepić się w Europie. Odkąd Związek Sowiecki wycofał się z Afganistanu, mudżahedini snuli wizje ekspansji międzynarodowej.
Wyprawą dowodził Saudyjczyk Abu Abdel Aziz Barbaros, wysoki rangą członek Al-Kaidy. Ekspedycja miała charakter wywiadowczy. Mudżahedini mieli sprawdzić, czy Bośnia – kraj zupełnie im nieznany – nadaje się na miejsce, w którym można prowadzić dżihad. Ostatecznie uznali, że tak i już latem 1992 r. wysłano tam pierwsze grupy arabskich ochotników. Celem było przekształcenie Bośni w republikę islamską.
W chwili wybuchu wojny w Bośni mieszkało 1,9 mln muzułmanów. Część z nich pozostała wierna tradycyjnemu bośniackiemu islamowi, uchodzącemu za liberalny i tolerancyjny, a część skręciła w kierunku radykalizmu. Dla tych pierwszych mudżahedini stanowili utrapienie, gdyż na siłę próbowali ich „nawracać". Jak pisał Žurnal.info: „Napastowali młode pary za publiczne przytulanie się i trzymanie za ręce. Atakowali dziewczyny za »niestosowny« strój. Chłopaka z Zenicy zabili za to, że sprzedawał na bazarze rakiję".
Wizerunkowy problem
Nie tylko Al-Kaida wysyłała do Bośni swoich ludzi. To samo robiły inne organizacje dżihadystyczne – Gama'a Islamiya (Egipt), Zbrojna Grupa Islamska (Algieria) czy Hezbollah (Liban). Łącznie przez Bośnię przewinęło się kilka tysięcy mudżahedinów. Wśród nich Nasser bin Ali al-Ansi, który wiele lat później w imieniu jemeńskiej Al-Kaidy przyznał się do zamachu na „Charlie Hebdo". Dżihadyści najczęściej działali pod przykrywką pracowników humanitarnych. Niektórzy jednak nie zachowywali nawet pozorów i, jak wspominają świadkowie, chodzili po mieście „w tradycyjnych arabskich szatach z kałasznikowem na ramieniu".