W latach 1993–1998 bp Pieronek był sekretarzem Generalnym KEP, rektorem PAT w Krakowie w latach 1998-2004.
Był konsultorem Papieskiej Rady ds. Tekstów Prawnych, Kanonikiem Kapituły Metropolitalnej. W Konferencji Episkopatu Polski był członkiem Rady Naukowej, sekcji Nauk Teologicznych Komisji Nauki Wiary oraz delegatem Arcybiskupa Metropolity Krakowskiego do spraw nauki i kultury.
W ostatnich latach biskup Pieronek krytycznie odnosił się do obozu rządzącego, szczególnie do polityki wobec migrantów. Krytykował również postępowanie władzy wobec protestujących w Sejmie niepełnosprawnych.
Bp Tadeusz Pieronek:
Smród faszyzmu nas kiedyś podusi