Witold przybył do Warszawy w poniedziałek 23 sierpnia 1943 roku, prawie trzy lata po tym, jak zdecydował się na rozpoczęcie swojej misji w Auschwitz. Miasto stało się w tym czasie centrum krwawej kampanii sabotażowo-dywersyjnej polskiego podziemia. Członkowie Kedywu prowadzili akcje bojowe wymierzone w urzędników nazistowskich, podkładali bomby w kierowanych przez Niemców przedsiębiorstwach. Okupant odpowiadał rozstrzeliwaniem setek Polaków, stosując zasady odpowiedzialności zbiorowej. Ofiary krzyczące przed śmiercią „Niech żyje Polska!" stały się niemal codziennością, a niektóre niemieckie jednostki zabierały ze sobą gips, którym wypełniano ludziom usta przed egzekucją. Nie było żadnych wątpliwości, że Niemcy nadal kontrolowali miasto, ale po klęsce pod Stalingradem i lipcowym lądowaniu aliantów we Włoszech każdy warszawiak miał nadzieję, że wojna nie potrwa już zbyt długo.
Zaraz po przybyciu do Warszawy Witold poinformował Eleonorę (Eleonora Ostrowska była szwagierką Pileckiego – red.), że wrócił i prosi o spotkanie z dowództwem Polskiego Państwa Podziemnego. (...) Eleonora spodziewała się Witolda. Wcześniej zasłoniła okna. Zbliżała się godzina policyjna, a niemieckie patrole strzelały do każdego, kto nieopatrznie pojawił się w oknie po zmroku. Witold nie mógł się doczekać wieści od żony Marii i dzieci. Podczas spokojnej kolacji Eleonora opowiadała Witoldowi o tym, co się dzieje u nich w Ostrowi Mazowieckiej. Niedawno w ich domu zakwaterowano niemieckiego oficera. Maria musiała się przeprowadzić na strych. Teraz pełniła rolę gosposi dla żołnierza okupanta. Rodzina Witolda była bezpieczna, ale jego wizyta w Ostrowi wydawała się zbyt wielkim ryzykiem. Eleonora zasugerowała, aby spotkał się z żoną w pustym mieszkaniu znajdującym się piętro wyżej. Maria co kilka tygodni przyjeżdżała do Warszawy, aby odebrać materiały piśmiennicze zamówione do księgarni, którą pomagała prowadzić w Ostrowi Mazowieckiej. Eleonora podała Witoldowi adres sklepu z artykułami papierniczymi, w którym Maria robiła zakupy. Miał tam zostawić dla niej wiadomość.
Tymczasem Witold się zawziął, żeby przekonać nowego przywódcę podziemia generała Tadeusza Komorowskiego do wyrażenia zgody na akcję w obozie. Zaostrzone procedury bezpieczeństwa i atmosfera lekkiej paranoi sprawiły, że organizacja takiego spotkania była niezwykle trudna. Stefan Bielecki, który przekazał raport Pileckiego przedstawicielom podziemia, zasugerował, aby Witold rozpoczął pracę w oddziale operacyjnym odpowiadającym za przygotowanie akcji likwidacyjnych i sabotaż niemieckich linii zaopatrzeniowych. Bardzo możliwe, że tej właśnie grupie przypadłoby w udziale zorganizowanie operacji w Auschwitz. Ale nawet zaaranżowanie spotkania z dowódcą Oddziału III Operacyjnego Kedywu Karolem Jabłońskim również okazało się niełatwe. Tożsamość i wiarygodność Witolda były sprawdzane i weryfikowane kilka razy, a dane uwierzytelniające przechodziły przez sieć miejsc kontaktowych i kurierów podziemia. (...)
To był dla Witolda czas przepełniającej go frustracji. Kierownictwo organizacji obozowej w Auschwitz przez cały czas znajdowało się w niebezpieczeństwie, a każdego dnia ginęły tam setki osób. A jednak rozmowy prowadzone przez Witolda w Warszawie potwierdziły to, co zrozumiał już w Nowym Wiśniczu: niewielu ludzi w podziemiu wiedziało, że w Auschwitz istnieje sprawnie działająca organizacja, która jest w stanie zorganizować powstanie. A jeszcze mniejsza grupa wiedziała o roli obozu w eksterminacji Żydów. W skrajnie prawicowej prasie podziemnej pojawiały się artykuły zawierające różne teksty szkalujące Żydów, na ulicach szalały grupy szmalcowników, którzy gotowi byli wydać każdego spośród ukrywających się dwudziestu ośmiu tysięcy Żydów. Naziści oferowali wysokie nagrody za wszelkie przydatne informacje, a złapanych Żydów rozstrzeliwano. Taki los czekał również Polaków, którzy pomagali Żydom. Prawie jedna dziesiąta miasta – około dziewięćdziesięciu tysięcy osób – była aktywnie zaangażowana w akcję ratunkową. Jeśli zostali złapani, naziści mordowali często całe rodziny.
Podziemie oficjalnie potępiało działania szmalcowników i w sposób istotny pomagało ukrywającym się rodzinom żydowskim za pośrednictwem Żegoty. Przywódcy podziemia na ogół jednak unikali konfrontacji, ignorując postawy antysemickie z obawy przed nadwyrężeniem kruchego sojuszu niezbędnego do osiągnięcia celu nadrzędnego, jakim było odzyskanie przez Polskę niepodległości. Witoldowi pozostało jedynie czekać na spotkanie z Jabłońskim i mieć nadzieję, że uda mu się przekonać go o korzyściach wynikających z operacji w Oświęcimiu.