Swoją konceptualną sztukę łączył z refleksją na temat ludzkiej egzystencji. Tworzył instalacje, wykorzystując fotografie i znalezione codzienne przedmioty. Interesowała go nietrwałość materii i pamięci, przemijanie i śmiertelność.
- Duża część mojej pracy polega na tym, że każdy człowiek jest wyjątkowy i ważny, i że każdy zniknie – mówił, zauważając, że większość zostaje zapomniana po dwóch pokoleniach.
Rodzinna trauma Holocaustu odcisnęła trwały ślad na jego wyobraźni. Jego ojciec był Żydem i podczas wojny ukrywał się przez półtora roku pod deskami podłogowymi domu rodzinnego w Paryżu. Choć Christian Boltanski urodził się kilka tygodni po wyzwoleniu stolicy Francji, wychowywał się w domu, w którym pamięć traumatycznych doświadczeń przez wiele lat pozostawała żywa.
Gdy w 2010 zaprezentował Grand Palais w Paryżu gigantyczną instalację „Personnes” z 50 ton ubrań, interpretowano ją poprzez reminiscencje nazistowskich obozów zagłady.
W instalacjach świetlnych często korzystał z fotografii historycznych, bo jak mówił: „Zdjęcie jest dowodem na istnienie kogoś, kto zniknął. Wszyscy zadają pytanie o śmierć. Nawet gdy staramy się o tym zapomnieć.”