Więziony był przez trzy lata w : Rywałdzie, Stoczku koła Lidzbarka Warmińskiego, Prudniku i na końcu Komańczy w Bieszczadach.
Komuniści zdecydowali się na ten krok z powodu słynnych słów Prymasa zawartych w liście biskupów polskich z 8 maja 1953 r., w którym biskupi pisali "Rzeczy Bożych na ołtarzach cesarza składać nam nie wolno. Non possumus!”.
Chodziło o to, że władze usiłowały realnie wpływać na obsadę stanowisk w polskim kościele.
Samo aresztowanie mimo, że dramatyczne miało i swoje zabawny akcent. Pies Baca pilnujący rezydencji na Miodowej pogryzł jednego z ubowców. Osobiście opatrzył go Prymas Polski.
Stefanowi Wyszyńskiemu samo uwięzienie mimo, że przebiegające w sposób dramatyczny ( głód, samotność, liczne prowokacje ) pozwoliło stworzyć tak fundamentalne dla Kościoła działa jak „Wielką Nowennę” czy „ Jasnogórskie. Śluby Narodu Polskiego”. Kamienie milowe dające podwaliny pod budowany po wojnie kościół.