Na stanowisko został wybrany 18 lipca 2018 roku.
W PAŻP od 23 grudnia 2021 r. toczy się spór zbiorowy Związku Zawodowego Polskiej Agencji Żeglugi Powietrznej z kierownictwem Agencji. Konkretnie między zarządem a kontrolerami lotów, którzy nie zaakceptowali nowych warunków zatrudnienia, które znacząco obniżały im zarobki. Po obniżce średnio o 20-30 procent miały one plasować się w widełkach 20-45 tysięcy złotych. Obniżka wynikały ze znacznego zmniejszenia ruchu lotniczego z powodu pandemii COVID-19 i zamknięcia przestrzeni powietrznej nad Białorusią. To spowodowało drastyczny spadek przychodów agencji. Kolejny spadek ruchu nastąpił po inwazji Rosji na Ukrainę, a Polska i Litwa są krajami, które z tego powodu ucierpiały najbardziej. Według Eurocontroli, europejskiej organizacji zrzeszającej agencje kontroli ruchu powietrznego nad Europą ten spadek nad Litwą wyniósł 46 proc., zaś w Polsce 33 proc. - Nie możemy wrócić do patologicznie wysokich zarobków w wysokości 70-100 tysięcy złotych - mówił „Rzeczpospolitej” Janusz Janiszewski, który sam jest kontrolerem lotów i instruktorem prowadzącym szkolenia.
W Polsce zatrudnionych jest 600 kontrolerów ruchu lotniczego. 170 z 208 zatrudnionych w Warszawie nie przyjęło nowych warunków zatrudnienia i mieliby odejść z pracy z końcem kwietnia 2022. Natomiast zaakceptowało je 95 proc. zatrudnionych w terenie i taki sam odsetek osób, które nie pracują na stanowiskach operacyjnych.
Prezes PAŻP szukał wsparcia w tym sporze w Ministerstwie Infrastruktury i złożył zawiadomienie do prokuratury, ponieważ zbuntowani kontrolerzy rozpoczęli akcję medialną, w której przekonywali, że latanie z Polski i nad Polską przestało być bezpieczne.
W ostatnią środę kontrolerzy za pośrednictwem wynajętej agencji PR po raz kolejny zaatakowali prezesa Janiszewskiego przywołując informacje zamieszczone w tzw. NOP (Network Operation Plan) Eurocontroli, który ukazał się 25 marca br. – Wnioski z niego nie są zbyt optymistyczne. Kryzys w Polskiej Agencji Żeglugi Powietrznej oraz brak chęci kierownictwa agencji do jego zażegnania już wkrótce przełoży się na paraliż nieba nie tylko nad Polską, ale sąsiednimi krajami Ze względu na zbyt małą liczbę kontrolerów w PAŻP, po 1 maja agencja nie będzie w stanie zapewnić bezpieczeństwa pasażerów przelatujących nad Polską i dlatego samoloty będą musiały zostać skierowane poza nasz obszar komentował tę publikację Maciej Sosnowski, przewodniczący Związku Zawodowego Kontrolerów Ruchu Lotniczego i kontroler z ponad 25-letnim doświadczeniem cytowany w agencyjnym komunikacie.