Implementacja tego rozwiązania do rodzimego systemu podatkowego miała być bodźcem i motywatorem dla właścicieli przedsiębiorstw do inwestowania w ich rozwój, tak aby nasza gospodarka była bardziej innowacyjna, a co za tym idzie – konkurencyjna. Z założenia ta zachęta podatkowa powinna rzutować na dynamiczny wzrost liczby innowacyjnych projektów w polskich przedsiębiorstwach, a w skali makroekonomicznej miała i ma być remedium na grożącą nam w średnim i długim okresie pułapkę średniego dochodu. Wszak udział wydatków na innowacje w relacji do PKB na poziomie ok. 1,3 proc. lokuje nas od lat poniżej średniej unijnej. Od globalnych liderów w tym zakresie, takich jak Izrael, Korea Południowa czy państwa Skandynawii, dzieli nas przepaść. Nie dziwią zatem intensywne działania rządzących ukierunkowane na poprawę tej sytuacji, czego efektem są nie tylko ulga B+R, ale i inne podatkowe zachęty, jak IP Box oraz planowane ulgi na robotyzację i na prototypy.
Zachęta jest, chętnych brak
Ulga B+R w początkowych latach funkcjonowania nie cieszyła się szczególnym zainteresowaniem. Zakładane w budżecie rezerwy na ten cel nie były wykorzystywane przez podatników. Dla przykładu w roku 2018 podatnicy odliczyli w ramach tej ulgi trzykrotnie mniejszą kwotę, niż wynikałoby to z projekcji budżetowej. Powodów takiego stanu upatrywać należy w kilku obszarach.
Pierwszym z nich jest zdefiniowanie pojęcia praw badawczych i rozwojowych. Dla przykładu – prace rozwojowe „są działalnością obejmującą nabywanie, łączenie, kształtowanie i wykorzystywanie dostępnej aktualnie wiedzy i umiejętności, w tym w zakresie narzędzi informatycznych lub oprogramowania, do planowania produkcji oraz projektowania i tworzenia zmienionych, ulepszonych lub nowych produktów, procesów lub usług, z wyłączeniem działalności obejmującej rutynowe i okresowe zmiany wprowadzane do nich, nawet jeżeli takie zmiany mają charakter ulepszeń". Definicja, zaczerpnięta z ustawy o szkolnictwie wyższym, pozostawia dość spore pole do interpretacji (i utrudnia prawidłową subsumpcję).
Skutkuje to tym, że dyrektorzy finansowi oraz księgowi często mają spory problem z oceną, czy tak określone kryteria są przez nich spełniane, a w konsekwencji, czy dany podatnik może być beneficjentem ulgi B+R. Mając na względzie niski poziom zaufania podatników do działań administracji skarbowej w przypadku wątpliwości tych pierwszych, często przeważa podejście asekuracyjne, biorące się ze sceptycyzmu. Ci bardziej zdeterminowani (jest o co walczyć) dokonują pogłębionej analizy, wymagającej wspólnego zaangażowania m.in. wewnętrznych zespołów R&D oraz doradców podatkowych, tak by bazując już na konkretnych case-studies, ocenić poziom ryzyka podatkowego, wiążącego się z potencjalnym odliczeniem wydatków kwalifikowanych w ramach ulgi. W tym miejscu należy podkreślić, że w celu minimalizacji ryzyka kwestionowania w przyszłości prawa do odliczenia ulgi B+R absolutną koniecznością staje się zebranie odpowiedniej dokumentacji dowodowej – począwszy od dokumentacji projektowej dotyczącej prac B+R, przez interpretację podatkową potwierdzającą prawo do skorzystania z ulgi w przedstawionym stanie faktycznym (lub opinię wydaną przez jednostkę naukową potwierdzającą, że prowadzona działalność ma charakter prac B+R), kończąc na zagregowanych danych finansowych i kadrowych.
Skoro już jesteśmy przy tych ostatnich, w przypadku odliczenia w ramach ulgi tzw. kosztów osobowych, a więc kosztów wynagrodzeń pracowników lub zleceniobiorców realizujących prace B+R, konieczne jest ustalenie proporcji czasu pracy (w ogólnym wymiarze czasu pracy) poświęconego na prace o charakterystyce B+R indywidualnie dla każdego pracownika. Abstrahując już od niezbędnego nakładu administracyjnego, aby wydobyć takie dane w sposób rzetelny w skali całego przedsiębiorstwa, wymóg ten powoduje konieczność istotnej dyscypliny samych pracowników wypełniających swoje karty pracy, o ile ich pracodawca dysponuje odpowiednim narzędziem do ewidencji czasu pracy. W praktyce w mniejszych przedsiębiorstwach (gdzie takiego systemu nie ma) lub w branżach, gdzie dominuje rynek pracownika (a ci nie lubią tracić cennego czasu na żmudne, „administracyjne" czynności) warunek ten stanowi barierę, często nie do przeskoczenia. Podobnie szkoda, że ustawodawca nie zdecydował się również przez te pięć lat na rozszerzenie katalogu kosztów kwalifikowanych o wynagrodzenia osób współpracujących z podatnikami w relacji B2B. W niektórych branżach (np. IT) ten model stał się standardem.